分社化に会社分割を利用する場合の消費税の取り扱い ～新設分割と吸収分割で異なる納税義務の判定～
2026年8月26日更新
上浦会計事務所
公認会計士・税理士 上浦 遼
１．はじめに
近年、事業承継やリスク管理を目的とした経営戦略として、分社化を検討するケースがあります。
経営戦略として効果のある分社化ですが、その方法の一つに会社分割があり、会社分割はさらに「新設分割」と「吸収分割」に分かれます。
組織再編として扱われる、この二つの方法について、消費税の取り扱いが異なることをご存知でしょうか。
本稿では、分社化に会社分割を利用する場合の消費税の取り扱いについて解説します。
２．分社化に会社分割を利用する方法
まず、分社化に会社分割を利用する場合の二つの方法について、その概要を確認します。
(1)新設分割による方法
新設分割とは、会社分割により新たに会社を設立し、その新会社に事業を承継させる方法です。
分社化の例でいえば、株式会社Ａ（分割法人）が、切り出したい事業を、分割により新たに設立する株式会社Ｂ（分割承継法人）へ移転します。分割対価としてＢ社の株式をＡ社が取得すれば、Ｂ社はＡ社の子会社となります。
会社の設立と事業の移転を一度の手続で行うことができる点が特徴です。
(2)吸収分割による方法
吸収分割とは、既に存在する会社に事業を承継させる方法です。
分社化に利用する場合には、まずＡ社が100％子会社としてＢ社を設立し、その後、吸収分割によりＡ社の事業をＢ社へ移転します。
新設分割と比べて手続が二段階となりますが、分社化の結果として出来上がる資本関係は基本的に同じです。
上記の吸収分割による方法と、新設分割による方法の概要は以下の通りです。
なお、分割対価は株式であることを前提としています。
(3)会社分割以外の方法
分社化の方法は、会社分割だけではなく、事業譲渡を用いる方法もあります。
この場合、子会社Ｂ社を設立したうえで、Ａ社の事業を売買契約により個別にＢ社へ移転します。資産や契約を一つひとつ移転する手続となるほか、事業譲渡による資産の移転は消費税の課税取引となるため、会社分割（不課税取引）とは消費税の取り扱いが大きく異なります。
このほか、事業用資産の現物出資により子会社を設立する方法などもあります。
本稿の趣旨からは離れるため詳細は割愛しますが、どの方法を選ぶかにより、税務・手続の両面で取り扱いが異なる点にご留意ください。
３．新設分割と吸収分割の税務
新設分割により一部の事業を移転する方法と、一度法人を設立してから吸収分割により事業を移転する方法を比較した場合、法人税法上の取り扱いは大きく異なりません。
ただし、消費税の納税義務の判定に差異が生じます。消費税の納税義務は、原則として基準期間（その事業年度の前々事業年度）における課税売上高が1,000万円を超えるか否かで判定しますが、会社分割があった場合には特例が設けられており、この判定の計算方法が分割の方法によって異なります。
４．吸収分割の場合
会社分割では、分割法人（事業を切り出す会社）と分割承継法人（事業を受け入れる会社）が当事者となります。消費税の納税義務の判定に差が出ることは前述の通りですが、具体的には分割承継法人（先述の例では、新たに設立した会社）側での取り扱いが異なります。
分割承継法人の納税義務の判定方法は以下の通りです。
- 分割事業年度（N期） ： 分割法人、分割承継法人の課税売上高のいずれか大きい方
- 分割翌事業年度（N+1期） ： 分割法人、分割承継法人の課税売上高のいずれか大きい方
- 分割翌々事業年度（N+2期） ： 分割承継法人の課税売上高
- 以降（N+3期～） ： 分割承継法人の課税売上高
上述の通り、分割事業年度の翌々事業年度からは、分割承継法人は独立して納税義務の判定を行うことになります。分割承継法人の売上規模が小さい場合（課税売上高が1,000万円以下の場合）には、納税義務が免除される可能性があります。
ただし、別の視点としてインボイス制度（適格請求書等保存方式）との関係には注意が必要です。
免税事業者のままでは適格請求書（インボイス）を発行できませんので、仕入税額控除を行う取引先（主に得意先）にとって不利に働きます。
これは納税額だけでは計ることのできない損失を生む可能性がありますので、営業戦略なども考慮して判断することが必要です。
５．新設分割の場合
新設分割の場合、特定要件に該当するか否かで判定方法が変わります。
特定要件とは、分割法人およびその分割法人と特殊な関係にあるが、分割承継法人の発行済株式の50％超を保有する場合をいいます。
先述の分社化の例にあてはめると、株式会社Ａ（元から存在する会社）が、株式会社Ｂ（新たに分割により生じる会社）の株式を50％超保有する場合にあたります。
このような場合は往々にしてあり、分社化した会社を子会社としたい場合には、通常、特定要件に該当することになります。
それでは、具体的な判定方法を特定要件に該当する場合と、そうでない場合に分けて解説します。
(1)特定要件に該当する場合
分割承継法人の納税義務の判定方法は以下の通りです。
- 分割事業年度（Ｎ期） ： 分割法人の課税売上高
- 分割翌事業年度（Ｎ＋１期） ： 分割法人の課税売上高
- 分割翌々事業年度（Ｎ＋２期） ： 分割法人と分割承継法人の課税売上高を合算
- 以降（Ｎ＋３期～） ： 分割法人と分割承継法人の課税売上高を合算
分割翌々事業年度以降に注目してください。
分割法人の課税売上高と、分割承継法人の課税売上高を合算して判定することが求められており、この取り扱いはなんと半永久的に続きます。
例えば、分社化した分割承継法人が今後事業規模を縮小していきたいと考えた場合であっても、スキーム次第では納税義務を負い続ける可能性があるということです。
また、分社化という視点でいえばこの特定要件に該当する可能性は高く、注意が必要です。
(2)特定要件に該当しない場合
分割承継法人の納税義務の判定方法は以下の通りです。
- 分割事業年度（Ｎ期） ： 分割法人の課税売上高
- 分割翌事業年度（Ｎ＋１期） ： 分割法人の課税売上高
- 分割翌々事業年度（Ｎ＋２期） ： 分割承継法人の課税売上高
- 以降（Ｎ＋３期～） ： 分割承継法人の課税売上高
こちらは比較的受け入れやすいのではないでしょうか。
基準期間の存在しない分割事業年度と分割翌事業年度は分割法人の課税売上高を基準とし、それ以降は分割承継法人が独立して納税義務の判定を行うことになります。
新設分割、吸収分割両方のパターンを図にまとめると以下のようになります。
６．終わりに
組織再編に関する税制は複雑で、見落としやすい点が多くあります。
今回ご紹介した消費税の取り扱いもまさにそのような検討事項の一つですが、スキームによってはその影響が半永久的に続くものもあることから、注意が必要です。
このような複雑で影響の大きい組織再編を行う場合には、専門家の利用をお勧めしております。
最後までお読みいただき、ありがとうございました。本稿が、分社化を検討される皆様のお役に立てば幸いです。
当コラムの意見にあたる部分は、個人的な見解を含んでおります点にご留意ください。
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